- отдел безопасности мореплавания
- лоцманский отдел
- отдел радионавигационного оборудования
- группа наблюдения за строительством флота
- гидрографические суда

- отдел средств навигационного оборудования
- центр информации по безопасности на море

- отдел комплексной гидрографической экспедиции
- производственно-техническая инспекция

- представительство в Москве

- Архангельская гидробаза
- Хатангский лоцмейстерский отряд
- Центральная Арктика
- Колымский лоцмейстерский отряд
- Восточная Арктика

- ККС «Олений»
- ККС «Стерлегова»
- ККС «Андрея»
- ККС «Индигирка»
- ККС «Столбовой»
- ККС «Каменка»
- КП «Медвежий»