Отдел комплексной гидрографической экспедиции (отдел КГЭ) является одним из основных подразделений Предприятия и предназначен для выполнения гидрографических исследований (работ) в акватории Северного морского пути (СМП), акваториях морских портов, расположенных на побережье СМП, и на подходах к ним, а также на устьевых участках рек Енисей, Хатанга и Колыма с морским режимом судоходства.

Огромная протяженность района, крайне малый навигационный период, сложная транспортная доступность, тяжелейшие гидрометеорологические условия требуют от сотрудников экспедиции высочайшего профессионализма в сочетании с предельной оперативностью в принятии решений и проведении работ. Отдел КГЭ оснащен современнейшим гидрографическим оборудованием, позволяющем выполнять обследование трасс Северного морского пути с максимально возможной точностью и производительностью. В составе экспедиции инженеры – гидрографы высокой квалификации, подготовленные для работы в сложных условиях Арктики и в совершенстве владеющие современными технологиями выполнения съемки рельефа дна.

Ежегодно экспедиционным составом выполняется свыше 30 000 километров площадной съёмки рельефа дна на трассах СМП. К этим работам привлекаются от 2 до 5 гидрографических судов Предприятия.

С 2011 года Предприятием начат новый этап гидрографических исследований акватории СМП. Он предусматривает поэтапное выполнение площадной съемки рельефа дна Высокоширотной трассы и морских путей СМП с использованием современных гидрографических комплексов на базе многолучевых эхолотов. Указанные работы проводятся в соответствии с современными требованиями Международной гидрографической организации для обеспечения безопасного плавания всех типов судов, включая крупнотоннажные танкеры и сухогрузы.

С 2018 года специалистами отдела КГЭ выполняются работы по площадной съемке рельефа дна в акваториях морских портов, расположенных на побережье акватории СМП, и подходах к ним, в том числе в интересах обеспечения дноуглубительных работ в акваториях Морского канала Обской губы, морского порта Сабетта и на подходах к нему.

В зимний период навигации на подходах и в акватории морского порта Сабетта для обеспечения безопасности мореплавания взамен штатных плавучих предостерегательных знаков устанавливаются виртуальные СНО.